區別在于分級、側重點、辦學制度、和公立私立。

1、分級不同

二本A類好于二本B類院校，雖然，兩者在學歷上都是二本本科學歷，但是，本科教育院校是分為“重點本科高校”與“普通本科高校”。

2、側重不同

“重點本科高校”與“普通本科高校”只是側重不同，無本質差別，前者非常注重理論研究，后者更注重理論實踐應用。

3、辦學制度不同

A類院校為一般公辦本科院校；B類院校為本科院校分校或幾年國家批準從專科升為本科的院校，一般是民辦三本大學或者獨立學院。

4、公私區別

本科A類及以上的是公立大學，而相對來說,本科B類就是私立大學了。

2016廣東高考起本科二批錄取合并：

2017年，廣東省高考將原第二批本科A類及B類兩個招生錄取批次合并為“第二批本科批次”，批次合并后，第二批本科批次的普通類志愿數將增加至11個。

批次合并后，第二批本科批次的普通類（含文理科）仍實行行志愿。第一組院校志愿數設置為7個，第二組院校志愿數設置為4個；第一批本科批次普通類行志愿院校志愿數參照第二批本科批次執行。

第二批本科批次的藝術類（含音樂、美術類）仍實行梯度志愿。藝術類“統考”院校志愿數設為3個；藝術類“校考”院校志愿數設為2個；因原第二批本科B類批次無“統考+校考”招生類型，藝術類“統考+校考”院校志愿數保持不變，仍設為1個。

第二批本科批次的體育類仍實行梯度志愿，體育類院校志愿數設為3個。

廣東省教育考試院有關負責人表示，調整和優化高校招生錄取批次是《國務院關于深化考試招生制度改革的實施意見》（以下簡稱《意見》）的重要內容之一，《意見》明確提出要“創造條件逐步取消高校招生錄取批次”。

從廣東省往年的高校錄取情況看，高校招生分批錄取有利有弊，民辦學校、獨立學院在起步發展階段實行A、B線錄取，有利于學校完成招生計劃，便于考生報考。經過多年的發展，廣東省民辦學校、獨立學院辦學條件逐步改善、辦學水逐步提高，得到了社會的逐步認可，社會認知程度有所提高，合并批次錄取條件已經成熟。

因此，廣東省從2017年起，將原第二批本科A類及B類兩個招生錄取批次調整合并為“第二批本科批次”。